La construcción actual sustituye a la que fue edificada en 1545 cuya fachada miraba hacia el poniente como la mayor parte de los templos yucatecos de la época colonial.

El templo se demolió en 1705 debido a que dos años antes en su interior ocurrió un hecho que es conocido como “El crimen de los alcaldes”, ya que Fernando Hipólito de Osorno y Gabriel de Covarrubias se habían refugiado en la sacristía y fueron asesinados. Por esa razón se decidió derribarla y reorientar su acceso principal hacia el norte, es por eso que las esculturas que representan a San Pedro y San Pablo ahora se observan en los costados ya que originalmente custodiaban la entrada del templo.

La iglesia es de mampostería y la portada principal está adornada con piedra labrada y consta de dos cuerpos. En el Segundo se destaca un escudo arabesco de la corona real y cordón franciscano.

Otra de las historias de la iglesia es que una de sus torres sujeta los cañones que sirvieron para recuperar la ciudad en 1848, de las manos de los indios rebeldes que iniciaron la Guerra de Castas.

En la parte alta de la iglesia hay un reloj que data del del siglo XVIII y que se ha mantenido funcionando gracias a los cuidados de una familia de relojeros que viven en el Pueblo Mágico. 

En su interior, el retablo mayor tiene algunas esculturas en los nichos y se destaca un altar de estilo churrigueresco.