La reserva ocupa un área de 84,347 ha (208,425 acres) en el extremo este del desierto de Chihuahua. Fue creado para proteger el ecosistema único y diverso de la cuenca de Cuatro Ciénegas, hogar de muchas especies endémicas de flora y fauna.

Consiste en un pequeño valle conocido localmente como ‘Bolsón’ y está rodeado por un desierto y seis montañas cuya altitud supera los tres mil metros sobre el nivel del mar. El área cuenta con aproximadamente 250 piscinas naturales cristalinas de variadas formas y tonalidades, algunas piscinas son transparentes y otras de color turquesa, aguamarina, zafiro o verde azulado, dependiendo de las condiciones del cielo.

La temperatura del agua varía según la temporada y la piscina. Los promedios son 20°C (68°F) en Poza Azul (invierno) a 32°C (90°F) templados en Poza Escobedo (verano).

Estos humedales albergan más de 800 especies de flora y unas 360 especies de fauna, algunas críticamente vulnerables o en peligro de extinción. Además, tiene un endemismo biológico similar al de las Islas Galápagos

Durante millones de años ha sido hogar de plantas y especies como la tortuga bisagra y el pez ciego. Incluso se pueden ver estromatolitos, una especie de coral que forman estructuras que son geológicamente idénticas a fósiles de 3.500 millones de años que se cree que son la evidencia más antigua de vida en la Tierra.

Entre las piscinas más importantes se encuentran:

Poza Azul

Los minerales del interior del agua crean una amplia gama de tonos azules que van desde el turquesa hasta el zafiro. Al lado, el espectro de colores azules en el medio se mezcla con los colores amarillos hacia el borde de la piscina, recordando la mezcla de colores en la paleta de un pintor.

Es considerada la más hermosa de todas las pozas y cuenta con un mirador para disfrutar de la vista panorámica. Es el hogar de una de las mayores riquezas de flora y fauna de todo el estado.

No puedes nadar en esta piscina.

Poza de la Becerra

Es otra poza de aguas cristalinas cuya temperatura oscila entre los 28º y 32ºC, según la estación del año, además existen corrientes de agua cálida.

Poza Los Mezquites

Es parte del río del mismo nombre y también cuenta con aguas cristalinas, aunque su temperatura es de 22ºC.

En estas bellas pozas se puede nadar y practicar snorkel. Y en sus alrededores puedes practicar bicicleta de montaña, rappel y campismo.

El lugar cuenta con asadores, palapas, mesas y estacionamiento.