Su construcción se inició en 1569 bajo la supervisión de frailes franciscanos.

En la fachada de esta iglesia se pueden ver los tres santos a los que está dedicada esta construcción: San Antonio de Padua, San Simón y San Judas. Asimismo, hay varios elementos decorativos propios de la cultura nativa, así como algunas rosas de estilo gótico.

Las dos torres son de tres cuerpos, la del norte es la original y la otra fue construida entre 1940 y 1942. Ambas están decoradas con motivos barrocos y columnas salomónicas.

La nave que fue modificada tenía una bóveda de medio cañón, pero el incendio en 1915 lo destruyó, y se construyó una bóveda plana de ladrillos. Esto también acabó con todos los tesoros que guardaba en su interior. Sin embargo, el retablo actual de tipo neoclásico se asemeja mucho al que había antes del accidente ya que había sido modificado hacía finales del siglo XVIII.

El claustro todavía conserva pinturas que representan a varios santos y otros elementos que eran propios de la orden franciscana.